با افزایش تراکم در آبزی‌پروری افزایش شیوع بیماری‌ها گریزناپذیر است. آنتی‌بیوتیک‌ها و سموم شیمیایی روش معمول مبارزه با بیماری‌ها می‌باشند. هزینه بالا، مقاومت دارویی، مشکلات زیست محیطی، کاهش کیفیت گوشت و مشکلات اجرایی باعث شده تا واکسن‌ها بعنوان جایگزین مطرح شوند و یکی از بهترین روش‌ها برای مبارزه علیه بیماری‌ها می‌باشند. از نظر ساخت واکسن‌ها به واکسن‌های کشته، تخفیف حدت یافته، تحت واحد و DNA واکسن‌ها تقسیم می‌شوند. مطالعات نشان داده است استفاده از عوامل بیماریزای بومی در تولید واکسن، کارآمدی بهتری دارند. در آبزیان واکسیناسیون به روش‌های مختلف تزریقی، غوطه‌وری و خوراکی انجام می‌شود. تزریق به دو روش داخل صفاقی و داخل عضلانی انجام می‌شود که داخل صفاقی رایج‌تر است. روش تزریقی حفاظت طولانی مدت ایجاد می‌کند، در ماهی 15 گرم و بیشتر کاربرد دارد و پرهزینه‌ترین روش واکسیناسیون در ماهی است. در غوطه‌وری، ماهی در محلولی از واکسن شناور می‌شود. واکسیناسیون غوطه‌وری جهت ماهیان کوچک‌تر مناسب است ولی میزان اتلاف واکسن بالا بوده و امکان نگهداری واکسن مازاد وجود ندارد. روش خوراکی ساده‌ترین روش واکسیناسیون ماهی‌ها در تعداد زیاد است. در این روش نیازی به جابجایی ماهی نبوده و هزینه‌ها و تلفات ناشی از جابجایی‌ها کاهش می‌یابد اما کارایی کم آن است. پاسخ ایمنی ماهی به واکسن بشدت تحت تاثیر مواردی مانند دما، نور، کیفیت آب، شوری و عوامل مختلف استرس‌زا قرار دارد. برای رسیدن به بهترین و بیشترین اثرگذاری باید واکسیناسیون طبق دستورالعمل کارخانه سازنده انجام شود. واکسیناسیون فقط برای پیشگیری از بیماری و در ماهی‌های سالم توصیه می‌شود و واکسن‌های تک گانه نیز نباید مخلوط شوند.
)